1.Struktur organisasi sekolah
SMP Stella Duce 1 dipimpin oleh P.Y. Lily Puspitawati, BA. dan didampingi oleh 3 wakil kepala sekolah yakni wakil kepala sekolah urusan kesiswaan (A. Reni Suwandari), wakil kepala sekolah urusan kurikulum (Drs. C. Haryono) dan wakil kepala sekolah urusan sarana prasarana dan humas (Sr. Rosaline, CB). Dalam pelaksanaan tugas sehari-hari, kepala sekolah juga dibantu oleh bagian tata usaha.

2. Struktur Kurikulum Sekolah
SMP Stella Duce 1 Yogyakarta berstatus disamakan dengan SK no. 0404/I/3/KPTS/1996 tanggal/bulan/tahun 30/12/96. Sekolah ini dibawah naungan yayasan Tarakanita yang beralamat di Jl. Dr. Soetomo 56, Desa Baciro Kecamatan Gondokusuman, Yogyakarta.

Pelaksanaan pendidikan berdasarkan kurikulum 1994 tetapi metodenya menggunakan KBK(Kurikulum Berbasis Kompetensi)., dan mulai tahun ajaran 2004-2005, sudah menggunakan kurikulum KBK. KBK menuntut kreatifitas guru dalam membuat variasi mengajar supaya siswa tertarik. Mulai tahun 2002/2003 tidak lagi menggunakan sistem caturwulan tetapi menggunakan sistem semester. Pada awal tahun pelajaran kepala sekolah urusan kurikulum menyusun rencana mata pelajaran selama 1 tahun.